YANG Yang,GAO Chenmeng,ZHAO Zhen,et al.Cloning and Bioinformatics of Cherry green ring mottle virus Coat Protein Gene[J].Northern Horticulture,2022,(15):10-15.[doi:10.11937/bfyy.20215128]
樱桃绿环斑驳病毒（CGRMV）外壳蛋白基因的克隆及生物信息学分析
- Title:
- Cloning and Bioinformatics of Cherry green ring mottle virus Coat Protein Gene
- 文献标志码:
- A
- 摘要:
- 以感染樱桃绿环斑驳病毒（Cherry green ring mottle virus，CGRMV）的甜樱桃叶片为试材，采用RT-PCR和生物信息学分析的方法，研究了樱桃绿环斑驳病毒外壳蛋白（coat protein，CP）基因的核酸序列、进化关系以及蛋白性质和结构，以期为CGRMV的检测及外壳蛋白功能的研究提供参考依据。结果表明：克隆的CGRMV-CP（MW201963） 全长807个核苷酸，编码由268个氨基酸残基组成的29.71 kD蛋白。其与17个已报道分离物 CP 的序列分析显示，核酸序列同源率为75.84%～96.28%，氨基酸一致率为81.72%～98.51%，与来自美国的李树（KC218931.1）进化关系最近。克隆的CGRMV-CP是等电点pI为8.25的疏水性非跨膜蛋白，二级结构由6个α-螺旋，7个β-片层和无规则卷曲构成。
- Abstract:
- The sweet cherry leaves collected from Yantai，which were infected by Cherry green ring mottle virus (CGRMV)，were used as experimental material.And the nucleic acid sequence，evolutionary relationship，protein properties and structure of CGRMV-CP were analyzed by means of RT-PCR and bioinformatic analysis，in order to provide reference for further functional research and detection applications.The results showed that the coat protein gene was determined to be 807 bp (MW201963)，which encoded a 29.71 kD protein composed of 268 amino acid residues.Compared with 17 reported sequence showed that，the coincidence rate of nucleotide sequences was 75.84%-96.28%，and the amino acid sequence was 81.72%-98.51%.And the CGRMV-CP was a hydrophobic non-transmembrane protein with isoelectric point pI of 8.25，consisting of 6 α-helices，7 β-sheet structure.
参考文献/References:
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备注/Memo
第一作者简介：杨阳（1989-），男，博士，讲师，现主要从事生物信息学等研究工作。E-mail：962619036@qq.com.责任作者：王德亚（1989-），男，博士，讲师，现主要从事植物病毒学等研究工作。E-mail：wangdeyasdny@163.com.基金项目：国家自然科学基金资助项目（32102143）；山东省自然科学基金资助项目（ZR2019PC011）；枣庄学院博士启动基金资助项目（2018BS040）；枣庄市科技计划资助项目（NS03）。收稿日期：2021-12-16