XIE Wei-ling,ZOU Rong,YANG Xue,et al.Research Progress of DNA Barcode in Rare and Endangered Plants[J].Northern Horticulture,2015,39(04):178-183.[doi:10.11937/bfyy.201504044]
珍稀濒危植物DNA条形码研究进展
- Title:
- Research Progress of DNA Barcode in Rare and Endangered Plants
- 文献标志码:
- A
- 摘要:
- DNA条形码技术（DNA barcoding）是利用一段有足够变异的、较短的、易扩增的标准DNA片段对物种进行快速、准确的鉴定，是近十年来分子生物学和分类学的研究热点。该文简述DNA条形码技术的标准、优势、分析方法，主要综述了不同的单片段条形码及组合条形码在珍稀濒危植物中的研究现状，并对DNA条形码技术在珍稀濒危植物中的应用前景进行了展望。
- Abstract:
- DNA barcode is a hot spot of molecular biology and taxonomic research in the last ten years.It is a method of rapid and accurate species identification with using a shorter standardized DNA fragment，the DNA fragment is easy amplification and has enough variation.In this paper，the standards，advantages of DNA barcode and its analysis methods were briefly described.The research situation of different single barcode fragment and their combinations in rare and endangered plants was mainly summarized.Finaly，the prospect of application of DNA barcode in rare and endangered plants were discussed.
参考文献/References:
[1]丁佳.DNA条形码：为濒危植物撑起“保护伞”[N].中国科学报，2013-12-26 (1). [2]刘宇婧,刘越,黄耀江,等.植物DNA条形码技术的发展及应用[J].植物资源与环境学报,2011,20(1)：74-82,93. [3]李虎,戴仁怀,李子忠.DNA条形编码技术及其在叶蝉科昆虫中的应用[J].山地农业生物学报,2012,31(5)：432-438. [4]王鑫,黄兵.DNA条形编码技术在动物分类中的研究进展[J].生物技术通报,2006(4)：67-72. [5]Hebert P D N,Cywinska A,Ball S L，et al.Biological identifications through DNA barcodes[J].Philosophical of Transactions of the Royal Society Biological Science，2003,270：313-321.
[6]Hebert P D N,Ratnasingham S,Dewaard J R.Barcoding animal life：cytochrome c oxidase subunitⅠdivergences among closely related species[J].Proceedings of the Royal Society of London Series B，2003,270：96-99. [7]Marshall E.Will DNA bar codes breathe life into classification? [J].Science,2005,307：1037. [8]陈士林,姚辉,宋经元,等.基于DNA barcoding (条形码)技术的中药材鉴定[J].世界科学技术,2007,9(3)：7-1. [9]Newmaster S G,Fazekas A J,Ragupathy S.DNA barcoding in land plans evaluation of rbcL in a multigene tiered approach [J].Canadian Journal of Botany，2006,84(3)：335-341. [10]宁淑萍,颜海飞,郝刚,等.植物DNA条形码研究进展[J].生物多样,2008,16(5)：417-425. [11]Sass C,Little D P,Stevenson D W,et al.DNA barcoding in the Cycadales：testing the potential of proposed barcoding markers for species identification of Cycads[J].PLoS One，2007,2(11)：e1154. [12]柴华.适用于地衣的DNA条形码片段的筛选[D].齐齐哈尔：齐齐哈尔大学,2011. [13]Kress W J,Erickson D L.DNA barcodes：Genes，genomics，and bioinformatics[J].Proceedings of the National Academy of Sciences，2008，105(8)：2761-2762. [14]Chase M W,Salamin N,Wilkinson M,et al.Land plants and DNA barcodes：short-term and long-term goals[J].Philosophical Transactions of the Royal Society B：Biological Sciences，2005,360：1889-1895. [15]Kress W J，Erickson D L.A two-locus global DNA barcode for land plants：the coding rbcL gene complements the non-coding trnH-psbA spacer region[J].PLoS One，2007,2(6)：e508.
[16]Kress W J,Wurdack K J,Zimmer E A，et al.Use of DNA barcodes to identify flowering plants [J].Proceedings of the National Academy of Sciences，USA，2005，102：8369-8374. [17]噶颂,Schaal B A,洪德元.用核糖体DNA的ITS序列探讨裂叶沙参的系统位置—兼论ITS片段在沙参属系统学研中的价值[J].植物分类学报，1997,35(5)：385-395. [18]刘艳玲,徐立铭,倪学明,等.基于ITS序列探讨睡莲属植物的系统发育[J].武汉大学学报(理学版),2005,51(2)：258-262. [19]陶晓瑜,桂先群,傅承新,等.明党参和川明参种间遗传分化和系统关系的分子标记和ITS序列分析[J].浙江大学学报(农业与生命科学版),2008,34(5)：473-481. [20]蒋明,李温平,周晶,等.10种杓兰属植物rDNA ITS序列的克隆与分析[J].浙江大学学报理学版,2012,39(6)：689-695. [21]崔占虎,李越,袁庆军,等.黄芪与其混伪品的ITS序列分子鉴定研究[J].中国中药杂志,2012,37(24)：3773-3776. [22]孙涛,孔德英,滕少娜,等.基于ITS2序列的黄连及其伪混品的分子鉴定[J].贵州农业科学,2013,41(9)：20-22. [23]杨春勇.栽培石解和白木香的遗传多样性分析[D].北京：北京协和医学院,2011. [24]刘静,何涛,淳泽.基于ITS序列的中国药用石斛及其混伪品的分子鉴定[J].中国中药杂志,2009,34(22)：2853-2856. [25]黄海,李劲松,符岸军,等.石斛属植物DNA条形码序列的筛选[J].热带作物学报,2010,31(10)：1769-1777. [26]顾慧芬,庄意丽,马子建,等.基于ITS序列分析铁皮石斛与近缘类群的亲缘关系[J].中成药,2010,32(4)：628-832. [27]栗丹,李振坚,毛萍,等.基于ITS序列石斛材料的鉴定及系统进化分析[J].园艺学报,2012,39(8)：1539-1550. [28]邓瑞云,张蕾,邱道寿,等.药用石斛 rDNA ITS 序列分析[J].广东农业科学,2013(8)：133-135. [29]李家敏,周秀玲,姜琼.濒危药用植物盘龙参rDNA ITS序列分析[J].江苏农业科学,2014,42(5)：30-33. [30]Lahaye R,van der Bank M,Bogarin D,et al.DNA barcoding the floras of biodiversity hotspots[J].Proceedings of the National Academy of Sciences，USA，2008,105：2923-2928. [31]章群.中药杜仲原植物的分子鉴定[J].生态科学,2004,23(2)：141-143. [32]王亚玲,李勇,张寿洲,等.用matK序列分析探讨木兰属植物的系统发育关系[J].植物分类学报,2006,44(2)：135-147. [33]张伟,李永.玫瑰、蔷薇、月季的DNA条形码鉴定[J].江苏农业科学,2011,39(3)：59,62. [34]Chase M W,Cowan R S,Hollingsworth P M，et al.A proposal for a standardized protocol to barcode all land plants[J].Taxon，2007,56：295-299. [35]Hollingsworth P M.DNA barcoding plants in biodiversity hot spots：progress and outstanding questions [J].Heredity，2008,101：1-2. [36]徐凤霞.木兰族和含笑族的系统学关系——基于叶绿体matK基因序列分析[J].西北植物学报,2003,23(7)：1169-1172. [37]宁静,陈惠娟,钟一文,等.基于rbcL蛋白质序列的石斛属植物系统发育研究[J].漳州师范学院学报(自然科学版)，2011(4)：34-39. [38]王凡红,卢金梅,李德铢.铁线蕨属3个种的分布新记录[J].西北植物学报,2014,34(5)：1055-1060. [39]Wolf P G,Rowe C A,Sinclair R B,et al.Complete nucleotide sequence of the chloroplast genome from a leptosporangiate fern，Adiantum capillus-veneris L[J].DNA Research，2003,10(2)：59-65. [40]Shaw J,Lickey E B,Beck J T,et al.The tortoise and the hare II：relative utility of 21 non-coding chloroplast DNA sequences for phylogenetic analysis[J].American Journal of Botany，2005,92(1)：142-166. [41]Fazekas A J,Burgess K S,Kesanakurti P R，et al.Multiple multilocus DNA barcodes from the plastid genome discriminate plant species equally well[J].PLoS One，2008,3：e2802. [42]钱丹.黄芪原植物的鉴别研究[D].北京：中国中医科学院,2009. [43]姚领爱,胡之璧,郑志仁,等.铁皮石斛种质资源研究中的DNA条形码初探[J].上海农业学报,2012,28(1)：49-54. [44]Taberlet P,Coissac E,Pompanon F,et al.Power and limitations of the chloroplast trnL(UAA) intron for plant DNA barcoding[J].Nucleic Acids Research，2007,35：e14. [45]Newmaster S G,Fazekas A J,Steeves R A D,et al.Testing candidate plant barcode regions in the Myristicaceae[J].Molecular Ecology Resources,2008,8：480-490. [46]Zuo Y J,Chen Z J,Kondo K，et al.DNA barcoding of Panax species[J].Planta Medica，2011，77：182-187. [47]Lahaye R,Savolainen V,Duthoit S,et al.A test of psbK-psbI and atpF-atpH as potential plant DNA barcodes using the flora of the Kruger National Park as a model system(South Africa)[M].Nature Precedings,2008:1-21. [48]Barcodes P P.Wanted:A barcode for plants[J].Science,2007,318:190-191.
相似文献/References:
[1]赵博,李景剑,毛世忠,等.基于叶绿体ndhA基因内含子序列的DNA条形码在秋海棠属物种鉴定中的应用[J].北方园艺,2016,40(16):103.[doi:10.11937/bfyy.201616027]
ZHAO Bo,LI Jingjian,MAO Shizhong,et al.Application of DNA Barcoding Based on the Chloroplast ndhA Intron Region in Classification of Begonia (Begoniaceae)[J].Northern Horticulture,2016,40(04):103.[doi:10.11937/bfyy.201616027]
备注/Memo
第一作者简介：谢伟玲(1990-)，女，硕士研究生，研究方向为生物化学与分子生物学。E-mail：xwling_2025@163.com.责任作者：柴胜丰（1980-），男，湖南益阳人，博士，副研究员，现主要从事植物保护生物学和药用植物栽培等研究工作。E-mail：sfchai@163.com.基金项目：国家自然科学基金资助项目(81260623）；广西植物研究所基本业务费资助项目(桂植业12011)。