[1]刘梦雯,曾斌,王波,等.新疆野扁桃TP-M13-SSR引物的多态性分析[J].北方园艺,2018,42(02):46-51.[doi:10.11937/bfyy.20171307]
　LIU Mengwen,ZENG Bin,WANG Bo,et al.Polymorphism Analysis of TP-M13-SSR Primer for Prunus tenella Batsch.[J].Northern Horticulture,2018,42(02):46-51.[doi:10.11937/bfyy.20171307]

点击复制

新疆野扁桃TP-M13-SSR引物的多态性分析

《北方园艺》[ISSN:1001-0009/CN:23-1247/S] 卷: 第42卷期数: 2018年02 页码: 46-51 栏目: 出版日期: 2018-01-25

Title:: Polymorphism Analysis of TP-M13-SSR Primer for Prunus tenella Batsch.

作者:: 刘梦雯1; 曾斌1; 2; 王波1; 王建友3; 1.新疆农业大学林学与园艺学院，新疆乌鲁木齐 830052；2.新疆农业大学果树学新疆特色果树研究中心，新疆乌鲁木齐 830052；3.中国林业科学院新疆林业科学分院，新疆乌鲁木齐 830000

Author(s):: LIU Mengwen1; ZENG Bin1; 2; WANG Bo1; WANG Jianyou3; 1.College of Forestry and Horticulture，Xinjiang Agricultural University，Urumqi，Xinjiang 830052；2.Research Center for Xinjiang Characteristic Fruit Tree，Xinjiang Agricultural University，Urumqi，Xinjiang 830052；3.Xinjiang Branch of Forestry Science,China Academy of Forestry Sciences,Urumqi,Xinjiang 830000

关键词:: 新疆野扁桃; TP-M13-SSR引物; 毛细管荧光电泳检测; SSR位点特征

Keywords:: Prunus tenella Batsch.; TP-M13-SSR primer; capillary electrophoresis with fluorescent-labeled primer; characteristics of SSR loci

DOI:: 10.11937/bfyy.20171307

文献标志码:: A

摘要:: 以来自5个居群的96份新疆野扁桃叶片为试材，采用TP-M13-SSR技术和毛细管荧光电泳检测的方法，分析新疆野扁桃TP-M13-SSR引物的多态性，以期为该珍稀植物的保育工作提供参考依据。结果表明：新疆野扁桃TP-M13-SSR引物库中包含23 627条序列，共有5类重复类型，以二核苷酸类型数量最多，五、六核苷酸数量极少。将12对核心引物与96份样品一同扩增后，等位基因数（No.of allele）均为2个，有效等位基因数（Ne）、观测杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、固定指数（F）、香农指数（I）、特异等位基因（Na）、多态性信息含量指数（PIC）、标记指数（MI）、Nei′s多样性指数、遗传相似性系数（Gst）、基因流（Nm）的范围分别为：3 531 0~9 000 0、0~0 666 7、0 72~0 89、0 25~1 00、1 48~2 44、8~18、0 669 0~0 879 0、5 35~15 82、0 219 5~0 430 8、0 002 0~0 042 6、34 756 0~252 196 4。这12对引物中，引物PT-9的多态性最好，引物PT-1多态性最差。

Abstract:: In this study,96 sample of leaves which were selected from 5 populations of Prunus tenella Batsch.were used as materials.The TP-M13-SSR technology and capillary fluorescent electrophoresis was used to analysis the polymorphism of it.By this way,it could provide the theoretical basis for the protection and conservation of this rare plant.The results showed that five types of repeat types and 23 627 sequences in the primers library.Dinucleotide was the largest,and pentanucleotide and hexanucleotide were the least.Using the 12 pairs core primers amplified with 96 samples,all of the No.of allele was 2.It was calculated that the number of effective alleles（Ne),observed heterozygosity（Ho),expected heterozygosity（He),fixation index（F),Shannon′s information index（I),the number of different alleles（Na),polymorphism information index（PIC),labeling index（MI),Nei′s deversity index,genetic similarity coefficient（Gst) and gene flow（Nm) ranged from 3 531 0-9 000 0,0-0 666 7,0 72-0 89,0 25-1 00,1 48-2 44,8-18,0 669 0-0 879 0,5 35-15 82,0 219 5-0 430 8,0 002 0-0 042 6,34 756 0-252 196 4,respectively.The polymorphism of primer PT-9 was best,and primer PT-1 was the worst.

参考文献/References:

[1]朱京琳.新疆塔城地区发现大片野生巴旦杏林[J].林业科技通讯,1979（6):34.

[2]李疆,曾斌,罗淑萍,等.我国野扁桃资源的保护及引种繁育[J].新疆农业科学,2006（1):61-62.

[3]阎国荣.新疆果树种质资源与生物多样性保护问题[J].干旱区研究,1996（1):64-65.

[4]黄培祐,张晓真,谢明玲.野巴旦杏群落生活型的研究[J].干旱区研究,1986（1):22-29.

[5]TAUTZ D.Hypervariability of simple sequences as a general source for polymorphic DNA markers[J].Nucl Acids Res,1989,17（16）：6463-6471.

[6]易红梅.基于毛细管电泳荧光标记的玉米品种SSR高通量检测体系的建立研究[D].北京:首都师范大学,2006.

[7]ZHANG J Y,ZHANG J H,YANG X H.Building of SSR fingerprinting map of standard varieties on maize in DUS testing[J].Journal of Maize Sciences,2006（4):13.

[8]LU G Y,WU X M,ZHANG D X,et al.SSR-based evaluation of distinctness and uniformity of rapeseed （Brassica napus L.) varieties under Chinese national official field tests[J].Scientia Agricultura Sinica,2008,41（1):32-42.

[9]YE H,LI M,ZHUANG J.Uniformity analysis of maize varieties by a set of SSR markers[J].Molecular Plant Breeding,2007,5（7):35-42.

[10]LI L,YANG J B,MACKILL D J,et al.Application of aotomated fluorescent-lablled system for SSLPs analtsis of different rice genotypes[J].Acta Agronomic Sinica,2000,26（5):555-559.

[11]KRESOVICH S,SZEWC-MCFADDEN A K.Abundance and characterization of simple-sequence repeats （SSRs) isolated from a size-fractionated genomic library of Brassica napus L.（rapeseed)[J].Theor Appl Genet,1995,91（2）：206-211.

[12]曾斌,李疆,李秀根,等.一种干旱区果树作物基因组DNA的提取方法:CN103266107A[P].2013-08-28.

[13]SENIOR M L,MURPHY J P,GOODMAN M M,et al.Utility of SSR for determining genetic similarities and relationships in maize using an agarose gel system[J].Crop Sci,1998,38:1088-1098．

[14]高源,刘凤之,王昆,等.基于TP-M13-SSR指纹图谱的中国原产苹果属植物分子身份证的建立[J].植物遗传资源学报,2015（6):1290-1297.

[15]金群英,徐燕丽,叶华琳,等.TP-M13自动荧光法的改进及在美国山核桃品种鉴定上的应用[J].浙江林业科技,2015（5):41-46.

[16]郑永胜,张晗,王东建,等.基于荧光检测技术的小麦品种SSR鉴定体系的建立[J].中国农业科学,2014（19):3725-3735.

[17]陆宁海,郑文明,王建锋,等.陇南地区小麦条锈菌群体遗传多样性SSR分析[J].中国农业科学,2009（8):2763-2770.

[18]高源,王昆,田路明,等.TP-M13-SSR技术及其在苹果种质资源遗传多样性研究中的应用[J].植物遗传资源学报,2011（2):228-233.

[19]张靖国,田瑞,陈启亮,等.砂梨核心种质SSR标准指纹图谱构建[J].湖北农业科学,2015（24):6284-6290.

[20]郑永胜,张晗,王东建,等.基于荧光检测技术的小麦品种SSR鉴定体系的建立[J].中国农业科学,2014（19):3725-3735.

相似文献/References:

[1]刘楠楠,曾斌,李伟阳,等.异质生境的新疆野扁桃组培快繁体系比较研究[J].北方园艺,2015,39(17):85.[doi:10.11937/bfyy.201517023]
　LIU Nannan,ZENG Bin,LI Weiyang,et al.Comparative Study on Establishment of Regenertation System of Tissue Rapid Propagation System of Heterogeneous Habitats Prunus tenella in Xinjiang[J].Northern Horticulture,2015,39(02):85.[doi:10.11937/bfyy.201517023]
[2]曾斌,刘梦雯,王建友,等.新疆野扁桃六个新S-RNase基因的克隆和序列分析[J].北方园艺,2017,41(07):105.[doi:10.11937/bfyy.201707023]
　ZENG Bin,LIU Mengwen,WANG Jianyou,et al.Molecular Identification Analysis of Six New S-RNase Genes Controlling Self-incompatibility From Xinjiang Wild Almond（Prunus tenella Batsch.）[J].Northern Horticulture,2017,41(02):105.[doi:10.11937/bfyy.201707023]
[3]曾斌,刘梦雯,王建友,等.新疆野扁桃五个自然分布居群S基因型的鉴定及发生频率分析[J].北方园艺,2017,41(10):87.[doi:10.11937/bfyy.201710020]
　ZENG Bin,LIU Mengwen,WANG Jianyou,et al.Identification of S-genotypes in the Five Natural Populations and Analysis of S-RNase Genes Frequency From Xinjiang Wild Almond（Prunus tenella Batsch.)[J].Northern Horticulture,2017,41(02):87.[doi:10.11937/bfyy.201710020]

备注/Memo

第一作者简介：刘梦雯（1990-），女，硕士研究生，研究方向为果树学。E-mail:853174634@qq.com.

责任作者：曾斌（1969-），男，博士，副教授，硕士生导师，现主要从事果树种质资源及生物技术教学与科研等工作。E-mail:zbxnd@163.com.

基金项目：国家自然科学基金资助项目（31660557)；新疆维吾尔自治区科技计划资助项目（201130102-1-5)；新疆维吾尔自治区园艺学重点学科资助项目（2016-10758-3)。

收稿日期：2017-09-26

更新日期/Last Update: 2018-01-26