LI Ang,JIN Liang,ZHU Huiqin,et al.Characterization Analysis of Microsatellite in Chloroplast Genome of Carum buriaticum Turcz.[J].Northern Horticulture,2023,(16):96-100.[doi:10.11937/bfyy.20224010]
田葛缕子叶绿体基因组微卫星特征分析
- Title:
- Characterization Analysis of Microsatellite in Chloroplast Genome of Carum buriaticum Turcz.
- Keywords:
- Carum buriaticum Turcz.; chloroplast genome; microsatellite; cpSSR
- 文献标志码:
- A
- 摘要:
- 以田葛缕子幼嫩叶片为试材，采用CTAB法提取叶绿体DNA，测定并分析田葛缕子叶绿体全基因组序列(153 697 bp)，旨在研究田葛缕子叶绿体基因组微卫星（cpSSR）特征，为田葛缕子资源分子鉴定及遗传多样性研究提供参考依据。结果表明：MISA软件在田葛缕子叶绿体基因组序列 中共识别出183个SSR位点，位点间平均分布距离为839.90 bp。其 中109个cpSSR（占SSR位点总数的59.60%）主要集 中于大单拷贝区(LSC)，57.69%的SSR位点的重复序列主要以单碱基重复序列为主，且主要由A、T碱基组成。cpSSR长度主要为8~15 bp（占78.69%），大于15 bp的cpSSR共有31个，田葛缕子叶绿体基因组上的cpSSR位点具有多态性潜能。
- Abstract:
- The chloroplast DNA was extracted by CTAB method from the young leaves of Carum buriaticum Turcz.,and the whole chloroplast genome sequence (153 697 bp) of C.buriaticum Turcz.was determined and analyzed,in order to study the characteristics of chloroplast microsatellite (cpSSR) of C.buriaticum Turcz.chloroplast genome,and to provide theoretical reference for the molecular identification and genetic diversity of C.buriaticum Turcz.resources.The results showed that a total of 183 SSR loci were identified by MISA software in the chloroplast genome sequence of C.buriaticum Turcz.and the average distribution distance between loci was 839.90 bp.cpSSR was mainly distributed in the large singlE-copy region (LSC)，and the number of cpSSR in this region was 109，accounting for 59.60% of the total.The most common repeat type of the cpSSR was mononucleotide repeat,accounting for 57.69%.The length of cpSSR distributed from 8-15 bp and accounted for 78.69%.There were 31 cpSSR of length greater than 15 bp，indicating that the cpSSR of C.buriaticum Turcz.had the potency of high polymorphism.The cpSSR loci in chloroplast genome of C.buriaticum Turcz.had potential of polymorphism.
参考文献/References:
[1]KANG Y X，UCZAJ ，KANG J,et al.Wild food plants and wild edible fungi in two valleys of the Qinling Mountains (Shaanxi，central China)[J].Ethnobiology and Ethnomedicine，2013(9):26.[2]KANG J，KANG Y X，XIAO L J.Wild food plants and fungi used in the mycophilous tibetan community of Zhagana(Tewo County，Gansu，China)[J].Ethnobiol Ethnomed，2016（12）:21.[3] 中国饲用植物志编辑委员会. 中国饲用植物志（第六卷）[M].北京: 中国农业出版社,1997.[4]太原植物志编辑委员会编.太原植物志（第2卷）[M].北京： 中国科学技术出版社,1992.[5]左振常,冯赤华.西北地区习用防风的鉴定研究[J]. 中草药,1986,17(8):29-32.[6]郑广东.防风与混淆品田葛缕子的鉴别[J].海峡药学,1999(3):60-61.[7]王淑琴.防风混淆品的性状鉴别[J]. 中国药师,2004(1):73-74.[8]陈叶青,金佩芬,薛磊冰.防风与混淆品田葛缕子的比较鉴别[J]. 中华 中医药学刊,2011,29(2):400-401.[9]LIU X Q，WANG R Z.Photosynthetic pathway and morphological functional types in the vegetation from North-Beijing agro-pastoral ecotone，China[J].Photosynthetica，2006，44(3):365-386.[10]石玉龙.田葛缕子的主要次生代谢物质和营养成分的测定分析[J].青海农技推广,2020(4):47-53.[11]马宏荣,沈宁东,朱惠琴.田葛缕子根尖染色体压片技术及核型分析[J].分子植物育种,2020,18(24):8233-8239.[12]付涛,王志龙,钱萍仙,等.高等植物DNA条形码最新研究进展及其应用[J].核农学报,2016,30(5):887-896.[13]殷鑫,温强,王建文,等.山茶属叶绿体全基因组微卫星特征分析及标记开发[J].分子植物育种,2018,16(20):6761-6769.[14]李博,刘合霞.叶绿体基因组微卫星标记(cpSSR)研究进展[J].安徽农业科学,2012,40(13):7638-7639,7649.[15]朱婷婷,张磊,陈万生,等.1342个植物叶绿体基因组分析[J].基因组学与应用生物学,2017,36(10):4323-4333.[16]梁程博,刘道鑫,陈前,等.黄花瑞香狼毒cpSSR序列特征分析[J].分子植物育种,2022,20(13):4434-4440.[17]吴东洋,业宁,徐逸卿,等.狗枣猕猴桃叶绿体基因组微卫星特征分析[J].北方园艺,2018(9):30-35.[18]杨华,陈琪,韦朝领,等.茶树转录组 中SSR位点的信息分析[J].安徽农业大学学报,2011,38(6):882-886.[19]王化坤,乔玉山,娄晓鸣,等.拟南芥叶绿体DNA全序列微卫星分布规律的分析[J]. 中国生物化学与分子生物学报,2006(10):845-850.[20]魏潇,章秋平,刘威生,等.桃叶绿体全序列微卫星分布规律研究[J].辽宁农业科学,2013(2):5-8.[21]盛文涛,柴学文,邹家华，等.芦笋叶绿体基因组序列微卫星分布规律研究[J].园艺与种苗,2017(4):39-41.[22]张靖雯.濒危植物羽叶丁香叶绿体全基因组及系统发育研究[D].杨凌:西北农林科技大学,2019.[23]蔡小彦,刘方,周忠丽,等.棉花叶绿体基因组全序列微卫星分布规律研究[J].棉花学报,2015,27(6):570-575.[24]娄文睿,莫正海,杨旭风,等.山核桃属叶绿体基因组微卫星特征分析及分子标记开发[J/OL].分子植物育种，（2022-09-23)[2022-09-30].httpskns.cnki.netkcms2articleabstractv=3uoqIhG8C45S0n9fL2suRadTyEVl2pW9UrhTDCdPD644GNiInc c5etcxr0jS6KZm2bhtT9XPsHM8CKFpsJ5Ry0An_2W0itre&unip latform=NZKPT.[25]张丹,杜晨晖,裴香萍,等.党参线粒体和叶绿体微卫星标记的开发及应用[J]. 中国实验方剂学杂志,2021,27(23):153-162.[26]潘磊,李依,郭瑞,等.豇豆叶绿体微卫星标记的开发及其在近缘种的通用性研究[J].长江蔬菜,2014(6):9-15.[27] 中国科学院西北高原生物研究所.青海植物志（第二卷）[M].西宁:青海人民出版社，1999.
相似文献/References:
[1]吴东洋,业宁,徐逸卿,等.狗枣猕猴桃叶绿体基因组微卫星特征分析[J].北方园艺,2018,42(09):30.[doi:10.11937/bfyy.20174592]
WU Dongyang,YE Ning,XU Yiqing,et al.Microsatellite Characteristic Analysis of Chloroplast Genome of Actinidia kolomikta[J].Northern Horticulture,2018,42(16):30.[doi:10.11937/bfyy.20174592]
[2]王继玥,白禹,石登红,等.桑科植物叶绿体基因组研究进展[J].北方园艺,2021,(08):124.[doi:10.11937/bfyy.20200520]
WANG Jiyue,BAI Yu,SHI Denghong,et al.Reseach Progress on Chloroplast Genome of Moraceae Plant[J].Northern Horticulture,2021,(16):124.[doi:10.11937/bfyy.20200520]
[3]王宏霞,郑文霞.韭（Allium tuberosum）叶绿体基因组及其特征分析[J].北方园艺,2023,(24):16.[doi:10.11937/bfyy.20231522]
WANG Hongxia,ZHENG Wenxia.Chloroplast Genome and Characteristics Analysis of Allium tuberosum[J].Northern Horticulture,2023,(16):16.[doi:10.11937/bfyy.20231522]
备注/Memo
第一作者简介：李昂（1997-），女，硕士研究生，研究方向为野生植物种质资源筛选与评价。E-mail：1132007226@qq.com.责任作者：朱惠琴（1969-），女，博士，副教授，现主要从事野生植物资源保护利用等研究工作。E-mail：47715406@qq.com.基金项目：国家自然科学基金地区科学基金资助项目(32160092)；青海省科技厅基础资助项目(2018-ZJ-752)。收稿日期：2022-10-02