DAI Penghui,REN Rui,DONG Xujie,et al.Bioinformatics Analysis of DiMYB1 Gene in Davidia involucrata Baill.[J].Northern Horticulture,2017,41(02):112-116.[doi:10.11937/bfyy.201702027]
珙桐转录因子DiMYB1基因的生物信息学分析
- Title:
- Bioinformatics Analysis of DiMYB1 Gene in Davidia involucrata Baill.
- Keywords:
- DiMYB1; Davidia involucrata Baill.; bioinformatics analysis
- 文献标志码:
- A
- 摘要:
- 利用生物信息学方法对前期通过转录组测序获得的珙桐DiMYB1基因编码蛋白序列进行分析，为后续DiMYB1基因的功能鉴定和调控研究奠定基础。结果表明：DiMYB1蛋白全长924 bp，编码307个氨基酸，相对分子量为35 kDa，为亲水性蛋白。DiMYB1属于R2R3-MYB蛋白家族，含有1个信号肽结构和2个功能结构域，亚细胞定位预测该基因位于细胞核的可能性是91.3%。系统进化树分析表明，其与柿树MYB2转录因子的同源性最高，相似度为84%。
- Abstract:
- The paper was to lay the foundation for functional identification and regulation of gene DiMYB1 from Davidia involucrata Baill.transcriptome data.The results showed that the fragment of DiMYB1 included an ORF (open reading frame) of 924 bp，which encoded for a protein product of 307 amino acids,with molecular weight 35 kDa.DiMYB1 belonged to R2R3-MYB protein family，containing a signal peptide and the two functional domains.Subcellular localization to predict the likelihood of the gene in the nucleus was 91.3%.Phylogenetic tree showed with Diospyros kaki MYB2 transcription factor had the highest homology，the similarity was 84%.
参考文献/References:
[1]中国植被编委会.中国植被 [M].北京：科学出版社，1980：298-299. [2]ALLAN A C，HELLENS R P，LAING W A.MYB transcription factors that colour our fruit[J].Trends in Plant Science，2008,13(3):99-102. [3]DUBOS C，STRACKE R，GROTEWOLD E，et al.MYB transcription factors in Arabidopsis[J].Trends in Plant Science，2010,15(10):573-581. [4]郭文芳，刘德春，杨莉,等.柑橘MYB15基因的克隆与表达分析[J].植物科学学报,2015(6)：808-818. [5]杨召恩，杨作仁，刘坤，等.一个亚洲棉MYB家族新基因克隆及特征分析[J].中国农业科学，2013(1)：195-204. [6]姜玲.葡萄风信子MYB转录因子基因的克隆及花色基因的表达分析[D].杨凌：西北农林科技大学，2014. [7]杨晔.中国水仙MYB转录因子基因的克隆与表达分析[D].福州：福建农林大学，2013. [8]郑蕊，岳思君，王丽娟.枸杞LbMYB1基因的克隆与表达分析[J].江西农业大学学报，2016(1)：174-179. [9]AKAGI T，IKEGAMI A，TSUJIMOTO T，et al.DkMYB4 is a MYB transcription factor involved in proanthocyanidin biosynthesis in persimmon fruit[J].Plant Physiology，2009,151(4)：2028-2045. [10]戴鹏辉，任锐，曹福祥，等.珙桐MYB转录因子DiMYB1基因的克隆及表达分析[J].植物生理学报，2016(8)：1255-1262.
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[1]王洁,张边江,叶海泉.珙桐种群分布现状及保护策略研究进展[J].北方园艺,2015,39(18):203.[doi:10.11937/bfyy.201518054]
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[2]张珍明,黄冬福,张家春,等.梵净山冷杉与珙桐产地土壤碳、氮、磷分布特征[J].北方园艺,2016,40(06):163.[doi:10.11937/bfyy.201606042]
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[3]董 社 琴,李 冰 雯.珙 桐 离 体 根 培 养 的 研 究[J].北方园艺,2007,31(12):0.[doi:10.11937/bfyy.2007012087]
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备注/Memo
第一作者简介：戴鹏辉（1991-），男，硕士研究生，研究方向为蛋白质化学与蛋白质组学。E-mail：daipenghui123@qq.com.责任作者：曹福祥(1962-)，男，博士，教授，现主要从事生物化学与分子生物学及植物学等研究工作。E-mail:csfucao@163.com.基金项目：中南林业科技大学博士后科研基金资助项目(0490016)；中南林业科技大学青年基金资助项目(QJ201512)。