WANG Shuzhen,ZHA Sansheng,CHENG Cheng,et al.Study on the Orthogonal Optimization of ISSR-PCR Reaction System of Rhododendron simsii[J].Northern Horticulture,2015,39(14):111-114.[doi:10.11937/bfyy.201514029]
杜鹃花ISSR-PCR反应体系的建立和优化
- Title:
- Study on the Orthogonal Optimization of ISSR-PCR Reaction System of Rhododendron simsii
- 文献标志码:
- A
- 摘要:
- 以杜鹃花为试验材料，采用正交实验方法，研究模板DNA浓度、ISSR引物浓度、dNTPs浓度、Taq DNA聚合酶浓度、Mg2+浓度等5个因素对ISSR-PCR反应体系的影响，以建立适合杜鹃花的ISSR-PCR最佳扩增体系。结果表明：杜鹃花ISSR反应体系的最佳条件为模板DNA用量为60 ng/20μL，ISSR引物浓度0.60 μmol/L，dNTPs浓度0.50 μmol/L，Taq DNA聚合酶浓度30 U/mL，Mg2+浓度为0.6 mmol/L。采用该反应体系可以从10份杜鹃花(R.simsii)基因组内扩增出稳定性高、重复性好ISSR-PCR产物。该研究为杜鹃花的遗传多样性分析、ISSR指纹图谱构建、亲缘关系鉴定等研究奠定了基础。
- Abstract:
- Taking Rhododendron simsii as materaial，the orthogonal test system was adopted to establish the ISSR-PCR amplification system and optimize amplification condition for Rhododendron simsii.The effect of template DNA concentration，ISSR primer concentration，dNTPs concentration，Taq DNA polymerase concentration，and Mg2+ concentration on amplification results of ISSR-PCR were studied.The results showed that the optimal 20 μL ISSR-PCR reaction system including 60 ng genomic DNA，0.60 μmol/L primer，0.50 μmol/L dNTPs，30 U/mL Taq DNA polymerase，and 0.6 mmol/L Mg2+.This system also gave stable and reliable results in other ISSR primers.Therefore，the established ISSR-PCR reaction system would be helpful in the following genetic diversity analysis，the construction of ISSR fingerprints，phylogenetic analysis of R.simsii.
参考文献/References:
[1]鲜小林，陈睿，秦帆，等.四川杜鹃花资源调查及其育种意义研究[J].北方园艺，2012(2)：92-96. [2]冯国楣.花中西施杜鹃花[J].园林，2008(12)：124-125. [3]王书珍，张传进，程华，等.杜鹃花表达序列标签资源中的微卫星信息分析[J].湖北林业科技，2014，43(2)：7-10. [4]WANG X Q，HUANG Y A，LONG C L.Cross-amplification and characterizationof microsatellite loci for the genus Rhododendron[J].Hortscience，2010，45(9)：1394-1397. [5]ZIETKIEWICZ E，RAFALSKI A，LABUDA D.Genome fingerprinting by simple sequence repeat (SSR)-anchored polymerase chain reaction amplification [J].Genomics，1994，20(2)：176-183. [6]沈洁,丁小余,丁鸽，等.铁皮石斛居群差异的研究Ⅱ ISSR指纹标记方法的建立与优化[J].中国中药杂志，2006，31(4)：291-294. [7]金则新，李钧敏，顾奇萍.云锦杜鹃自然居群遗传多样性的 ISSR 分析[J].园艺学报，2006，33(6)：1263-1267. [8]彭婵，张新叶，杨彦伶，等.湖北麻城杜鹃古群落遗传多样性研究[J].湖北林业科技，2010（4）：26-30. [9]赵芯，金则新，李建辉，等.麂角杜鹃遗传多样性的ISSR分析[J].江苏农业科学，2010(3)：34-36. [10]孔刚.福建杜鹃花遗传多样性 ISSR 分析及其离体保存[D].福州：福建农林大学，2011. [11]LIU Y F，XING M，ZHAO W，et al.Genetic diversity analysis of Rhododendronaureum Georgi (Ericaceae) located on Changbai Mountain using ISSR and RAPD markers[J].Plant Systematics and Evolution，2012，298(5)：921-930. [12]赵凯，王德元，张文娟，等.都支杜鹃遗传多样性的ISSR 分析[J].植物分类与资源学报，2013，35(5)：578-584. [13]佟兆国，王富荣，章镇，等.一种从果树成熟叶片提取DNA的方法[J].果树学报2008，25(1)：122-125. [14]冯俊姣，何苗，联想.贯叶连翘ISSR-PCR反应体系的建立与条件优化[J].安徽农业科学，2012，40(36)：17525-17527. [15]石绍高，孙正海，李世峰，等.高山杜鹃 ISSR-PCR反应体系建立[J].安徽农业科学，2013，41(27)：10977-10979，11040. [16]郑宇，何天友，陈凌艳，等.西洋杜鹃 ISSR-PCR反应体系的建立及优化[J].福建林学院学报，2011,31(2)：126-130.
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[8]赖 启 航.我 国 杜 鹃 花 旅 游 资 源 特 点 及 开 发 初 探[J].北方园艺,2011,35(18):0.[doi:10.11937/bfyy.2011018042]
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备注/Memo
第一作者简介：王书珍(1984-)，女，河南郑州人，博士，讲师，现主要从事植物分子遗传学等研究工作。E-mail：wangshuzhen04@163.com.责任作者：金卫斌(1961-)，男，湖北荆州人，博士，教授，现主要从事生态学等研究工作。E-mail：wangshuzhen710@whu.edu.cn.基金项目：黄冈师范学院博士启动基金资助项目(2013030903)；经济林木种质改良与资源综合利用湖北省重点实验室开放基金资助项目(2013000403)。