[1]李颖,谢占玲,田飞,等.黄绿蜜环菌SSR-PCR反应体系的优化及引物筛选[J].北方园艺,2013,37(16):114-119.
　LIYing,XIEZhan-ling,TIANFei,et al.EstablishmentandPrimerScreeningoftheSSR-PCRReactionSystemfor Armillarialuteo-virens[J].Northern Horticulture,2013,37(16):114-119.

点击复制

黄绿蜜环菌SSR-PCR反应体系的优化及引物筛选

《北方园艺》[ISSN:1001-0009/CN:23-1247/S] 卷: 第37卷期数: 2013年16期页码: 114-119 栏目: 出版日期: 2013-08-30

Title:: EstablishmentandPrimerScreeningoftheSSR-PCRReactionSystemfor Armillarialuteo-virens

文章编号:: 1001-0009(2013)16-0114-06

作者:: 李颖¹; 谢占玲¹; 2; 田飞¹; 贾贤卿¹; 方慧¹; 夏明哲¹; 1.青海大学生态环境工程学院，青海西宁810016；
2.青海省高原作物种质资源创新与利用重点实验室，青海西宁810016

Author(s):: LIYing¹; XIEZhan-ling¹; 2; TIANFei¹; JIAXian-qing¹; FANGHui¹; XIAMing-zhe¹; 1.CollegeofEco-EnvironmentalEngineering，QinghaiUniversity，Xining，Qinghai810016；2.NationalKeyLaboratoryBreedingBaseforInnovationandUtilizationofPlateauCropGermplasm，Xining，Qinghai810016

关键词:: 黄绿蜜环菌; SSR-PCR; 体系优化; 正交设计; 引物

Keywords:: Armillarialuteo-virens; SSR-PCR; systemoptimization; orthogonaldesign; primers

分类号:: S503.53

文献标志码:: A

摘要:: 以CTAB法提取的黄绿蜜环菌（Armillarialuteo-virens）DNA为模板，应用L₁₆(4₅)正交实验设计，对Mg2+、dNTPs、引物和Taq DNA聚合酶、模板浓度5种因素进行SSR-PCR反应体系优化，建立了适合黄绿蜜环菌SSR-PCR反应的最佳体系并对退火温度进行检测。结果表明：在15μL反应体系中包括：1×PCRBuffer，100ng模板DNA，dNTPs217μmol/L，引物0.5μmol/L，Taq DNA聚合酶0.75U，Mg2+1.3mmol/L。稳定性检测证明，该反应体系具有较高的稳定性和重复性，并从34对引物中共筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的SSR引物8对。该体系的建立为今后利用SSR标记对黄绿蜜环菌遗传多样性研究、亲缘关系分析及种质资源鉴定等研究提供了依据。

Abstract:: TakingDNAextractedfrom Armillarialuteo-virens byCTABmethodastemplate，L₁₆(4₅)orthogonaldesignwasusedtooptimizethemainfactorsaffectingtheSSR-PCRsystem，whichwereMg2+，dNTPs，primers，Taq DNApolymeraseandtemplateDNAconcentration.ItestablishedtheoptimumSSR-PCRreactionamplificationsystemof Armillarialuteo-virens，andbasedontheoptimumSSR-PCRreactionamplificationsystemannealingtemperaturewasselected.Theresultsshowedthata15μLreactionsystemcontained1×PCRBuffer，100ngtemplateDNA，dNTPs 217μmol/L，primer0.5μmol/L，TaqDNApolymerase0.75U，Mg2+1.3mmol/L.Thereactionsystemwasprovedingoodstabilityandreproducibility.Atthesametime，8primercombinationswereselectedwiththeoptimizedsystemamong34primercombinations，whichhadabundantpolymorphismbands.Thisstudycouldbeusedinanalysisofgeneticdiversity，geneticrelationshipandfingerprintin Armillarialuteo-virens.

参考文献/References:

[1]刁治民.青海草地黄绿蜜环菌生态学特性及营养价值的研究[J].中国食用菌,1996,16(4):21-22.
[2]卯晓岚.中国大型真菌[M].郑州:河南科学技术出版社,2000:18. 
[3]KileGA，GuillauminJJ，MohammedC，etal.Biogeographyand pathologyofArmillaria[M]//JonhanssonM，StenlidJ.Proceedingsoftheeighthinternationalconferenceonrootandbuttrots.Uppsala：SwedishUniversityofAgriculturalSciences,1994:411-436. [4]秦国夫,赵俊,郭文辉,等.蜜环菌的生物学研究进展[J].东北林业大学学报,2004,32(6):89-94. [5]赵俊,赵杰.中国蜜环菌的种类及其在天麻栽培中的应用[J].食用菌学报,2007,14(1):67-72. [6]KimMS，KlopfensteinNB，McDonaldGI，etal.CharacterizationofNorthAmericanArmillariaspeciesbynuclearDNAcontentandRFLPanalysis[J].Mycologia,2000,92(5):874-883. [7]KimMS，KlopfensteinNB，HannaJW，etal.CharacterizationofNorthAmericanArmillariaspecies：geneticrelationshipsdeterminedbyribosomalDNAsequencesandAFLPmarkers[J].ForestPathology,2006,36(3):145-164. [8]CoetzeeMPA，WingfieldBD，RidleyGS，etal.MolecularidentificationandphylogenyofArmillariaisolatesfromSouthAmericaandIndo-Malaysia[J].Mycologia,2003,95:285-293. [9]CoetzeeMPA，WingfieldBD，BloomerP，etal.PhylogeneticrelationshipsofAustralianandNewZealandArmillariaspecies[J].Mycologia,2001,93:887-896. [10]LangrellSRH，Lung-EscarmantB，DecroocS.IsolationandcharacterizationofpolymorphicsimplesequencerepeatlociinArmillariaostoyae[J].MolecularEcologyNotes,2001(1):305-307. [11]ProsperoS，JungE，TsykunT，etal.EightmicrosatellitemarkersforArmillariacepistipesandtheirtransferabilitytootherArmillariaspecies[J].EurJPlantPathol,2010,127:165-170. [12]ProsperoS，Lung-EscarmantB，DutechC.GeneticstructureofanexpandingArmillariarootrotfungus(Armillariaostoyae)populationinamanagedpineforestinsouthwesternFrance[J].MolecularEcology,2008(17):3366-3378. [13]孙立夫,裴克全,张艳华,等.法国蜜环菌Armillariagallica菌株遗传多样性的ISSR分析[J].菌物学报,2011,30(5):686-694. [14]王守现,刘宇,张英春,等.蜜环菌菌株遗传多样性RAPD分析[J].食用菌学报,2009,16(3):15-19. [15]周连玉.黄绿蜜环菌的研究概述[J].安徽农学通报,2010,16(3):52-53. [16]周劲松,熊辉岩,杨春江,等.黄绿蜜环茵子实体挥发油的化学成分[J].农业科学与技术,2008,9(2):90-92. [17]李海波,吴学谦,王立武,等.青藏高原黄绿蜜环菌纯培养菌种的分离培养及分子鉴定[J].菌物学报,2008,27(6):873-883. [18]HaymerDS.RandomamplifiedpolymorphicDNAsandmicrosatellites：whatarethey，andcantheytellusanythingwedon’talreadyknow[J].EntomolSocAm,1994,87(6):717-722. [19]ChoYG，IshilT，TemnykhS，etal.DiversityofmicrosatellitesderivedfromgenomiclibrariesandGenbanksequencesinrice(OryzasativaL.)[J].TheroAppleGenet,2000,100:713-722. [20]WeberJK，MayPE.AbundantclassofhumanDNAPolymorphismswhichcanbetypedusingthepolymerasechainreaction[J].AmericanJoumalofHumanGeneties,1989,44:388-396. [21]黄磊,王义权.扬子鳄种群的微卫星DNA多态及其遗传多样性保护对策分析[J].遗传学报,2004,31(2):143-150. [22]LanteriS，AcquadroA，CominoC，etal.Afirstlinkagemapofglobeartichoke(Cynaracardunculusvar.scolymusL.)basedonAFLP,S-SAP,M-AFLPandmicrosatellitemarkers[J].TheorApplGenet,2006,112:1532-1542. [23]BaumgartnerK，GrubishaLC，FujiyoshiP，etal.MicrosatellitemarkersforthediploidbasidiomycetefungusArmillariamellea[J].MolecularEcologyResources,2009(9):943-946. [24]孙立夫,张艳华,裴克全.一种高效提取真菌总DNA的方法[J].菌物学报,2009,28(2):299-302. [25]席章营,张桂权.SSR标记及其在作物遗传育种中的应用[J].河南农业大学学报,2002,36(3):293-297. [26]高文伟,陈全家,曲延英,等.棉花DNA提取及优化SSR反应体系的建立和应用[J].新疆农业大学学报,2009,32(6):34-37. [27]吴承来,张倩倩,董炳雪,等.我国部分玉米自交系遗传关系和遗传结构解析[J].作物学报,2010,36(11):1820-1831. [28]彭锁堂,王海岗,魏兴华,等.我国三系杂交稻主要不育系的微卫星标记多样性和遗传结构分析[J].中国水稻科学,2008,22(4):365-369. [29]肖扬,李黎,吴茜,等.香菇SSR-PCR技术体系的优化及其在遗传多样性分析中的初步应用[J].中国农学通报,2009,25(2):20-24. [30]姜同川.正交实验设计[M].济南:山东科学技术出版社,1985. [31]王士磊,李玉鹏,高树仁.正交设计优化玉米SSR-PCR反应体系的研究[J].基因组学与应用生物学,2009,28(1):119-122. [32]屈伸,刘志国.分子生物学实验技术[M].北京:化学工业出版社,2007:82. [33]安建平,王廷璞.生物化学与分子生物学实验教程[M].兰州:兰州大学出版社,2005:291-293.

相似文献/References:

[1]孟令君,李柱刚,韩俊岩,等.南瓜SSR-PCR反应体系的优化[J].北方园艺,2013,37(10):103.
　MENG Ling-jun,LI Zhu-gang,HAN Jun-yan,et al.Optimization for SSR-PCR Technology System in Cucurbita moschata[J].Northern Horticulture,2013,37(16):103.
[2]白世俊,包锦渊.黄绿蜜环菌有效成分的定性分析[J].北方园艺,2012,36(03):161.
　BAI Shi-jun,BAO Jin-yuan.Qualitative Analysis on Active Ingredients of Armillaria luteo-virens[J].Northern Horticulture,2012,36(16):161.
[3]杨世鹏,赵孟良,孙雪梅,等.菊芋组织培养及继代苗遗传稳定性的SSR分析[J].北方园艺,2015,39(20):91.[doi:10.11937/bfyy.201520022]
　YANG Shipeng,ZHAO Mengliang,SUN Xuemei,et al.Culture of Jerusalem Artichoke in vitro and Assessment of Genetic Stability Using SSR[J].Northern Horticulture,2015,39(16):91.[doi:10.11937/bfyy.201520022]
[4]张皓凯,董胜君,刘明国,等.山杏SSR-PCR反应体系优化[J].北方园艺,2017,41(03):115.[doi:10.11937/bfyy.201703027]
　ZHANG Haokai,DONG Shengjun,LIU Mingguo,et al.Optimization of SSR-PCR Reaction System for Armeniaca sibirica(L.)Lam.[J].Northern Horticulture,2017,41(16):115.[doi:10.11937/bfyy.201703027]
[5]张云秀,杨美玲,于玮玮,等.新疆野苹果SSR-PCR反应体系的优化[J].北方园艺,2017,41(15):29.[doi:10.11937/bfyy.20165044]
　ZHANG Yunxiu,YANG Meiling,YU Weiwei,et al.Optimization of SSR-PCR Reaction System forMalus sieversii (Lebed.) Roem.[J].Northern Horticulture,2017,41(16):29.[doi:10.11937/bfyy.20165044]
[6]高兵,安文杰,孙俊.苹果愈伤组织SSR-PCR反应体系优化[J].北方园艺,2018,42(10):53.[doi:10.11937/bfyy.20173431]
　GAO Bing,AN Wenjie,SUN Jun.Optimization of SSR-PCR Reaction System for Apple Callus[J].Northern Horticulture,2018,42(16):53.[doi:10.11937/bfyy.20173431]

备注/Memo

第一作者简介：李颖（1987-），女，硕士，研究方向为真菌分子遗传。E-mail:liying51196@126.com.
责任作者：谢占玲（1966-），女，博士，教授，硕士生导师，研究方向为真菌及酶学。E-mail:xiezhanling2003@yahoo.com.cn.
基金项目：国家自然科学基金资助项目（31260021）；青海省自然科学基金资助项目（2011-z-724）；国家重点实验室培育基地青海省高原作物种质资源创新与利用重点实验室开放课题资助项目（2011-05）
收稿日期：2013-04-09

更新日期/Last Update: 2014-09-12